现在病原微生物的检测方法丰富多彩。我们常规检测的病原，可以针对病原本身去检测，如使用显微镜，直接检测病原（如细菌、真菌等）。
检测样本采集有哪些注意事项？
流感病毒和一些非典型病原体（比如肺炎衣原体或者鹦鹉热衣原体等），以及病毒不能独立存活繁殖，多存在于粘膜上皮细胞内。因此我们要注意，流感病毒感染，采样的时候就不能轻描淡写的在相应部位轻轻的沾一下，建议稍微用力采集到呼吸道上皮细胞。脱落的上皮细胞可见于所有呼吸道分泌物。强调使用分子生物学方法检测，最主要的一点就是分子生物学检测的灵敏度高，即使原始样本中病原量少也可以检测出来。另外，应注意，有些病原在健康人群是很少存在定植的情况，一般认为健康人群少见甲流、乙流病毒定植，所以在就诊人群中一旦检测出来，同时患者有相关症状的话，即可确诊。其他的呼吸道病毒，比如鼻病毒或呼吸道合胞病毒，在健康人群是有少量定植的，特别是儿童，这时要根据半定量结果，再结合患者本身的症状和免疫状况综合判断。
流感病毒实验室检测，样本类型可包括鼻腔分泌物、鼻腔冲洗液、鼻咽拭子、咽拭子、咽冲洗液。
一般而言，咽部采集样本病毒量略低。分子生物学比较灵敏，因此应用的样本种类比较广泛。而抗原检测的灵敏度不高，所以有时如果不是在病毒量高峰时采样或者不是采集的鼻咽部拭子，而只是咽拭子，尤其是医生、护士或者其他相关医疗人员没有严格按照操作在咽部转动3~5周，略微用力的话，都可能导致阳性率下降，患者可能是感染患者，但是没有检测出来。
下呼吸道样本，包括痰液、气管吸出物、Balf，都可以检出病毒。如果怀疑肺炎，从口咽部到下呼吸道采样也可以反映出来。一旦检出，强烈指向患者存在相关部位感染。
因为甲流、乙流以及呼吸道合胞病毒与腺病毒、巨细胞病毒、EB病毒不同，为RNA病毒，容易被环境中RNA酶降解，建议保存于特定样本保存液中送检，其中含有抑制RNA酶的成分，能够减少RNA降解，提高检出的阳性率。
最好采集哪种样本类型？
样本类型最好去采集鼻咽拭子或鼻拭子，患者会略有不适，因此应选择比较柔软的拭子，多数试剂厂家在提供试剂时会提供相应采样拭子。不能采用木棍的棉拭子直接伸进鼻子或咽部采集样本，患者会比较痛苦，舒适度差，且不易到达有效部位，阳性率相对下降。
样本采集如何操作？
通常后鼻咽部的拭子所能沾取的病毒量高于前鼻或咽部拭子；将柔和、头部尖的拭子由鼻腔插入，沿鼻腔壁伸入鼻咽部，直至感觉到一定阻力，转动3-5次，然后将该拭子取出，进行抗原检测或者相应的分子生物学检测，如果不能及时进行分子生物学检测，要放在RNA保存管中。如果是咽拭子，直接在咽部采集即可。特别是在儿科就诊的患者，或者患者的特殊情况，采鼻咽拭子存在一定难度，如果使用分子生物学检测的手段，或者预判患者的病毒载量比较高的情况下，即使用抗原检测，也可以采咽拭子。注意采咽拭子时不要在口腔内随意比划一下，可能仅沾到一点儿唾液，需在后咽部稍微有力度的转3-5次，是比较理想的采样方式。